Mais c'est le référencement naturel qui représente la véritable mine d'or de Kelkoo. Parallèlement aux investissement en liens sponsorisés, Kelkoo recrute en interne une équipe de référenceurs s'appuyant pour des opérations plus complexes sur les services d'une agence de référencement. Peu à peu le trafic du site explose: non seulement le référencement s'avère être une source de clic plus puissante en volume que la plupart des autres moyens de promotion mais surtout, elle est infiniment plus rentable. On peut estimer qu'un clic produit par le référencement revient à un prix cinq fois moins élevé que sur les autres techniques de création de trafic, dont l'utilité n'est pas pour autant remise en cause dans la mesure Avec le référencement, Kelkoo récupère du trafic ecommerce compris entre 0,01 et 0,02 par clic. Il le revend entre 0,25 et 0,5 euros. Quelque part, Kelkoo ressemble à une société de trading qui va acheter du sucre brut à 20 euros la tonne en Afrique et qui le revend 20 fois plus cher en Europe. La mane du référencement ne remet pas pour autant en cause les autres sources de trafic de type liens sponsorisés, partenariats et affiliation: ces dernières restent très rentables et surtout contribuent à stabiliser et sécuriser le trafic. Avec la montée en puissance d'un acteur qui possède une position oligopolistique sur le marché (Google) et des régles non officielles de référencement naturel, le trafic référencement naturel peut varier du simple au double en l'espace de trois mois. Cette instabilité ne remet pas en cause l'utilité du référencement mais rend nécessaire le recours à d'autres modes de promotion... en particulier, dans le cas, où un rachat par un concurrent de Google (Yahoo rachète Kelkoo en 2005) amenerait Google à faire reculer le classement de Kelkoo dans ses pages de recherche.